A principal diferença entre a fermentação em estado sólido e a fermentação submersa é que a fermentação em estado sólido envolve o cultivo de microrganismos em um substrato sólido com baixo teor de umidade, enquanto a fermentação submersa envolve o cultivo de microrganismos em um meio líquido com mais de 95% de teor de água.
Os microrganismos são benéficos em vários tipos de indústrias. As bactérias e os fungos, especialmente, têm uma ampla variedade de aplicações nas indústrias. Os microrganismos devem ser cultivados em larga escala durante o processo de fermentação industrial para extrair os produtos necessários resultantes do metabolismo microbiano. A fermentação em estado sólido e a fermentação submersa são dois tipos principais de fermentação que ajudam a produzir enzimas industrialmente. Na fermentação em estado sólido, a fermentação ocorre por microrganismos cultivados em um substrato sólido, enquanto na fermentação submersa, a fermentação ocorre por microrganismos cultivados em um meio líquido. Cada método tem vantagens e desvantagens.