A principal diferença entre germes e bactérias é que o termo germe representa todos os tipos de partículas microscópicas, incluindo bactérias, fungos, protozoários, vírus, etc., que podem nos deixar doentes, enquanto as bactérias são tipos de germes que são organismos procarióticos unicelulares.
Existem diferentes tipos de microrganismos causadores de doenças, como bactérias, vírus, protozoários, fungos, príons, etc., que chamamos de germes. Além desses micróbios, os germes também incluem objetos causadores de doenças, como esporos, toxinas etc. Todos esses germes são prejudiciais para nós por qualquer meio. No entanto, ao considerar todas as bactérias, a maioria delas é inofensiva. Apenas alguns causam doenças aos organismos vivos. Portanto, essa pequena porcentagem de bactérias causadoras de doenças é considerada germe, uma vez que são prejudiciais.