A principal diferença entre colonização e infecção é que a colonização é o processo de estabelecimento do micróbio nos tecidos do corpo, enquanto a infecção é o processo de invasão dos tecidos do corpo pelo micróbio para causar os sintomas da doença.
A patogenicidade dos micróbios é um processo bioquímico e estrutural completo que é definido pelo mecanismo completo pelo qual o microrganismo causa a doença. Por exemplo, a patogenicidade das bactérias pode estar associada a diferentes componentes da célula bacteriana, como cápsula, fímbrias, lipopolissacarídeos (LPS) e outros componentes da parede celular. Também podemos associá-lo à secreção ativa de substâncias que danificam os tecidos do hospedeiro ou protegem a bactéria das defesas do hospedeiro. Colonização e infecção são dois termos na patogenicidade microbiana. O primeiro estágio da patogenicidade microbiana é a colonização. É conhecido como o correto estabelecimento do patógeno nos tecidos do hospedeiro. Pelo contrário, a infecção é a invasão dos tecidos do corpo pelo patógeno para causar a doença.