A principal diferença entre DNA e cromossomo é a organização de sua estrutura. O DNA é um polímero espiralado de fita dupla composto por desoxirribonucleotídeos, enquanto o cromossomo é uma estrutura semelhante a um fio, composta por moléculas de DNA fortemente enroladas com proteínas histonas.
O DNA e os cromossomos são dois níveis diferentes de organizações estruturais do material genético. O DNA é uma estrutura mais simples composta por uma dupla hélice de nucleotídeos. Em contraste, os cromossomos são estruturas complexas e organizadas compostas por proteínas e DNA dobrados de uma maneira específica. Embora o DNA e o cromossomo difiram um do outro na organização das estruturas, ambos desempenham um papel importante na determinação das propriedades físicas e funcionais de um organismo com base no material hereditário armazenado.