A principal diferença entre cianobactérias e algas é que as cianobactérias são um grupo de bactérias procarióticas, enquanto as algas são pequenos organismos eucarióticos semelhantes a plantas.
A fotossíntese é um processo extremamente importante que converte a energia da luz solar em energia química de carboidratos. Conseqüentemente, é o processo que permite que certos organismos façam seus próprios alimentos, e esses organismos são conhecidos como fotoautotróficos. Da mesma forma, plantas verdes, algas e cianobactérias são três tipos de fotoautótrofos. Entre esses três tipos, as cianobactérias são procariontes, que são bactérias. Por outro lado, as plantas verdes e as algas são organismos eucarióticos. Ao considerar as cianobactérias e algas, elas são organismos microscópicos, ao contrário das plantas verdes. No entanto, cianobactérias e algas diferem entre si principalmente pela organização celular. O objetivo deste artigo é explicar a diferença entre cianobactérias e algas.