A principal diferença entre cianobactérias e proteobactérias não pode ser deduzida especificamente. No entanto, as cianobactérias, conhecidas como algas verde-azuladas, são completamente fotossintéticas, enquanto as proteobactérias são compostas por uma ampla variedade de organismos gram negativos, dos quais alguns organismos são fotossintéticos.
Embora as cianobactérias e as proteobactérias compartilhem muitas características em comum, com base em sua capacidade de fotossintetizar, elas podem diferir umas das outras. No entanto, ambos são organismos industrialmente importantes, bem como organismos causadores de doenças.
