A principal diferença entre transformação e transdução é que a transformação é um mecanismo que altera o material genético das bactérias por absorção direta de material genético exógeno de seu entorno através da membrana celular e incorporação dele no genoma, enquanto a transdução é a injeção de DNA estranho por um vírus bacteriófago na bactéria hospedeira.
A conjugação é um método bem conhecido de recombinação de DNA, que pode ser encontrado em eucariotos e procariotos. Os cientistas descobriram que é possível transferir DNA de uma célula bacteriana para outra por outros dois mecanismos: transformação e transdução. Semelhante à conjugação, esses dois mecanismos transferem o DNA em uma direção e a recombinação ocorre entre os alelos em regiões homólogas do DNA. Ambos os mecanismos transferem muito poucas quantidades de DNA e não transferem todo o cromossomo da célula.
