A principal diferença entre o mesoderma e o mesenquima é que o mesoderma é uma das três camadas germinativas de animais bilateralmente simétricos, enquanto o mesoderma é um tecido indiferenciado encontrado no mesoderma embrionário verdadeiro.
Em animais diploblásticos, o plano corporal é relativamente simples, com duas camadas de células. As duas camadas são o ectoderma externo e o endoderma interno. As células da ectoderme estão voltadas para o meio ambiente e as células da endoderme voltadas para o enteron, que é uma cavidade com uma única abertura para fora. A abertura é a boca. Além disso, a condição triploblástica é a condição em que uma terceira camada conhecida como mesoderme se desenvolve no embrião. O mesoderma fica entre o ectoderma e o endoderma, separando as duas camadas de células. A terceira camada é importante para o corpo. Em certos animais, grande parte do mesoderma permanece indiferenciado e forma um tecido de empacotamento conhecido como mesênquima, que sustenta e protege os órgãos do corpo.
