A principal diferença entre o BLAST e o FastA é que o BLAST é uma ferramenta de alinhamento básica disponível no site do National Center for Biotechnology Information, enquanto o FastA é uma ferramenta de pesquisa de similaridade disponível no site do European Bioinformatics Institute.
BLAST e FastA são dois softwares amplamente usados para comparar sequências biológicas de DNA, aminoácidos, proteínas e nucleotídeos de espécies diferentes e procurar por suas semelhanças. Esses algoritmos foram escritos tendo a velocidade em mente. Porque, quando os cientistas conseguiram isolar o DNA em laboratório em meados da década de 1980, surgiu a necessidade de comparar e encontrar genes idênticos para pesquisas futuras em alta velocidade. Assim, esses dois softwares foram desenvolvidos de forma que o usuário pudesse fazer uma busca rápida de sequências semelhantes às de suas sequências de consulta.
BLAST é um acrônimo para Basic Local Alignment Search Tool e usa a abordagem localizada ao comparar as duas sequências. FastA é um software que se refere a Fast A, onde A significa Todos. Aqui, o software funciona com alfabetos como Fast A para sequenciamento de DNA e Fast P para proteínas. Tanto o BLAST quanto o FastA são muito rápidos na comparação de qualquer banco de dados do genoma e, portanto, muito viáveis monetariamente e também na economia de tempo.
