A principal diferença entre a heterocromatina e a eucromatina é que a heterocromatina é a forma altamente compactada da cromatina, que geralmente é inativa, enquanto a eucromatina é a forma fracamente compactada da cromatina que geralmente é ativa.
Cromatina é a estrutura que contém a fita de DNA de um cromossomo. A heterocromatina e a eucromatina são os dois principais tipos de cromatina presentes nas células. Existe uma diferença entre heterocromatina e eucromatina em termos de estrutura e função. Além disso, eles diferem das propriedades de transcrição e replicação também.