A principal diferença entre os antígenos O e H é que o antígeno O é a porção mais externa da superfície da bactéria, enquanto o antígeno H é a estrutura delgada em forma de fio que faz parte dos flagelos.
Os antígenos são locais de reconhecimento molecular presentes em muitas bactérias, fungos, vírus, partículas de poeira e outras partículas celulares e não celulares que podem ser reconhecidas pelo sistema imunológico do hospedeiro. Geralmente, a maioria dos antígenos está presente na superfície celular. Estruturalmente, os antígenos podem ser proteínas, aminoácidos, lipídeos, glicolipídeos ou glicoproteínas ou marcadores de ácido nucleico. Essas moléculas possuem uma capacidade específica de provocar uma resposta imune no hospedeiro. Esta resposta imune é provocada pelo desencadeamento da produção de anticorpos como resultado correspondente.
Antígenos são geralmente usados em sistemas de identificação de sorotipos para bactérias. Salmonella é um gênero bacteriano que possui muitos sorotipos. Os sorotipos são grupos de microrganismos da mesma espécie. Esses sorotipos podem ser distinguidos usando a combinação de antígeno O e antígeno H. O antígeno O é uma cadeia lateral de LPS, enquanto o antígeno H é uma parte do flagelo.
