A principal diferença entre a helicase e a topoisomerase é que a helicase é uma enzima que separa duas fitas complementares de DNA quebrando as ligações de hidrogênio entre as bases de duas fitas, enquanto a topoisomerase é uma enzima que remove as espirais positivas e negativas formadas durante o processo de desenrolamento do DNA por corte e resselagem de uma ou ambas as fitas do duplex de DNA.
O DNA é uma dupla hélice. Ele existe em duas fitas complementares unidas por pontes de hidrogênio. A replicação, transcrição e reparo do DNA requerem que duas fitas sejam separadas uma da outra para fazer novas cópias, fazer mRNA e adicionar nucleotídeos para reparar. As duas enzimas helicase e topoisomerase entram em ação neste ponto. Portanto, tanto a helicase quanto a topoisomerases são essenciais no desenrolamento do DNA. A helicase separa o DNA de fita dupla em fitas simples, quebrando as ligações de hidrogênio entre os pares de bases de nucleotídeos no DNA de fita dupla. Em contraste, a topoisomerase desvenda a torção do DNA e alivia a natureza do superenrolamento do DNA, cortando a estrutura de fosfato do DNA em uma ou ambas as fitas.
