A principal diferença entre fagocitose e opsonização é que a fagocitose é um mecanismo executado por certas células ou organismos para ingerir ou engolfar partículas estranhas, enquanto a opsonização é o processo pelo qual os patógenos são removidos do sistema ao serem marcados por meio de opsoninas.
As respostas imunológicas podem ser inatas ou adaptativas. Os patógenos possuem receptores de reconhecimento de patógenos que tornam mais fácil sua identificação pelo hospedeiro. Opsonização e fagocitose são duas respostas imunológicas. Na opsonização, o hospedeiro identifica e marca as partículas invasoras para destruição pela produção de opsoninas. A fagocitose é um mecanismo pelo qual certas células imunes engolfam e destroem partículas invasoras ou partículas estranhas do corpo.