A principal diferença entre os metabólitos primários e secundários é que os metabólitos primários são os produtos finais do metabolismo que participam diretamente do crescimento normal, desenvolvimento e reprodução de um organismo, enquanto os metabólitos secundários são os metabólitos que não participam diretamente do crescimento normal, desenvolvimento e reprodução de um organismo.
Os metabolitos participam do crescimento dos organismos por meio do processo de metabolismo. Metabolismo é a soma de todas as reações bioquímicas que ocorrem em um organismo. Existem duas categorias principais de metabólitos, dependendo da origem e função. Eles são metabólitos primários e metabólitos secundários.