A principal diferença entre os receptores AMPA e NMDA é que o agonista específico do receptor AMPA é alfa-amino - 3 - hidroxil - 5 - metil - 4 - ácido propiônico isoxazol (AMPA), enquanto o agonista específico do receptor NMDA é o N - metil - D - aspartato (NMDA).
Existem três tipos principais de receptores de glutamato. Sua diferença é baseada no agonista que se liga para a ativação do receptor de ligação ao glutamato. A ligação do glutamato abrirá os canais bloqueados por íons para o transporte de íons de sódio e potássio. Além disso, os receptores NMDA também facilitam o fluxo de íons de cálcio através da membrana.