A principal diferença entre tiocianato e isotiocianato é que o tiocianato é um grupo funcional em que o grupo alquil ou aril está ligado através do átomo de enxofre, enquanto o isotiocianato é o isômero de ligação do tiocianato no qual o grupo alquil ou aril está ligado através do átomo de nitrogênio.
Tiocianato e isotiocianato são grupos funcionais que contêm átomos de carbono, nitrogênio e enxofre. Esses grupos funcionais têm a mesma conectividade de átomos. Ou seja, o átomo de carbono está no meio, enquanto os átomos de nitrogênio e enxofre estão ligados às suas laterais. No entanto, a ligação química entre esses átomos é diferente uma da outra.
