A principal diferença entre codominância e alelos múltiplos é que codominância expressa os efeitos de ambos os alelos independentemente, sem se misturar no estado heterozigoto, enquanto alelos múltiplos se referem ao estado de uma característica que tem mais de dois alelos diferentes.
Geralmente, cada gene vem com dois alelos diferentes. Um é um alelo dominante, enquanto o outro é um alelo recessivo. De acordo com a herança mendeliana, o alelo dominante expressa seu fenótipo enquanto suprime o alelo recessivo no estado heterozigoto. No entanto, alguns genes têm três ou mais alelos diferentes para uma característica. Eles são chamados de alelos múltiplos. Além disso, a codominância é uma herança não mendeliana. Neste fenômeno, a prole recebe ambos os genes parentais como uma combinação de ambos os genes. Portanto, ambos os genes são expressos igualmente na prole.