A principal diferença entre sintenia e colinearidade é que a sintenia é a colocalização física de loci genéticos no mesmo cromossomo na espécie, enquanto a colinearidade é a colocalização física de loci genéticos no mesmo cromossomo em espécies diferentes que conservam a mesma ordem.
Sintenia e colinearidade são dois termos usados indistintamente em genômica. Ambos os termos descrevem os padrões de localização de genes nos cromossomos de diferentes espécies. Esses arranjos genéticos relacionados entre os táxons são informações valiosas ao inferir ancestralidade compartilhada dos genes. Synteny se refere à co-localização física de loci genéticos no mesmo cromossomo em espécies. A colinearidade se refere à co-localização física de loci genéticos no mesmo cromossomo em diferentes espécies que conservam a mesma ordem. Portanto, é uma forma de sintenia.
