Diferença chave - RAPD vs RFLP
Marcadores genéticos são usados em Biologia Molecular para identificar variações genéticas entre indivíduos e espécies. Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) e Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) são dois marcadores moleculares importantes usados rotineiramente em laboratórios. O RAPD é realizado com iniciadores oligonucleotídicos curtos e arbitrários e é baseado na amplificação aleatória de vários locais em todo o DNA molde do organismo. O RFLP é realizado com uma endonuclease de restrição específica e é baseado no polimorfismo dos fragmentos de restrição resultantes e hibridização. A principal diferença entre RAPL e RFLP é que RAPD é um tipo de técnica de PCR realizada sem o conhecimento prévio da sequência, enquanto que o RFLP não está envolvido na PCR e requer conhecimento prévio da sequência para realizar a técnica.
CONTEÚDO
1. Visão geral e diferença fundamental
2. O que é RAPD
3. O que é RFLP
4. Comparação lado a lado - RAPD vs RFLP
5. Resumo
O que é RAPD?
RAPD é um marcador molecular útil em biologia molecular. É uma técnica rápida e fácil. RAPD pode ser definido como um método que resulta em sequências de DNA polimórficas como resultado da amplificação aleatória de vários locais do molde de DNA alvo. RAPD usa primers oligonucleotídicos curtos com sequências arbitrárias para a amplificação por PCR. Os primers são sintetizados artificialmente sem o conhecimento prévio da sequência. Por isso, é considerada uma técnica fácil e útil.
As seguintes etapas principais estão envolvidas no RAPD.
- Extração de DNA alvo
- Amplificação de vários locais do DNA alvo usando primers escolhidos aleatoriamente
- Eletroforese em gel dos produtos de PCR amplificados
- Coloração com brometo de etídio e identificação do polimorfismo
Como resultado da variação no recozimento do primer, fragmentos diferentes com comprimentos diferentes são gerados durante a amplificação. Conseqüentemente, os padrões de faixas nos géis são diferentes entre indivíduos e espécies. Assim, o RAPD permite a detecção de variação genética entre organismos na identificação e diferenciação.
RAPD é aplicado em vários estudos de biologia molecular, como identificação da diferença genética entre espécies intimamente relacionadas, mapeamento de genes, impressão digital de DNA, identificação de doenças hereditárias, etc.
Figura 01: RAPD
O que é RFLP?
Polimorfismos de comprimento de fragmento de restrição (RFLPs) é um marcador molecular usado em biologia molecular para a identificação de variação genética em sequências de DNA homólogo. É o primeiro marcador genético desenvolvido para impressões digitais de DNA. Todos os organismos produzem perfis de DNA únicos quando restringidos com enzimas de restrição específicas. O RFLP serve como uma ferramenta importante na produção de perfis de DNA únicos de indivíduos e na detecção de variação genética entre eles. Quando as amostras de DNA são digeridas com endonucleases de restrição específicas, ele produz diferentes perfis de DNA que são únicos para cada indivíduo. Portanto, o principal deste método é a detecção da variação genética entre os organismos pela restrição do DNA homólogo com enzimas de restrição específicas e análise do polimorfismo do comprimento do fragmento via eletroforese em gel e blotting. Os padrões de blotting são únicos para cada organismo e caracterizam os genótipos específicos.
As etapas a seguir estão envolvidas com RFLP.
- Isolamento de quantidade suficiente de DNA de amostras
- Fragmentação das amostras de DNA com endonucleases de restrição específicas em sequência curta
- Separação dos fragmentos resultantes com diferentes comprimentos por eletroforese em gel de agarose.
- Transferência do perfil de gel para uma membrana por Southern blotting
- Hibridação da membrana com sondas marcadas e análise do polimorfismo do comprimento do fragmento em cada perfil
O RFLP tem várias aplicações, como diagnóstico de doenças hereditárias, mapeamento do genoma, identificação de criminosos em estudos forenses, testes de paternidade, etc.
Figura 02: genotipagem RFLP
Qual é a diferença entre RAPD e RFLP?
Artigo Diff meio antes da tabela
RAPD vs RFLP |
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| RAPD é um marcador molecular baseado em primers aleatórios e PCR. | RFLP é um marcador molecular baseado na produção de fragmentos de restrição de diferentes comprimentos. |
| Amostra Requerida | |
| Amostras pequenas de DNA são suficientes para a análise RAPD. | Uma grande quantidade de amostra de DNA extraída é necessária para a análise de RFLP. |
| Tempo | |
| RAPD é um processo rápido. | RFLP é um processo demorado. |
| Uso de primer | |
| Primers aleatórios são usados e os mesmos primers podem ser usados para espécies diferentes. | Sondas específicas para espécies são usadas em RFLP para hibridização. |
| Confiabilidade | |
| A confiabilidade da técnica é menor em comparação com RFLP. | RFLP é uma técnica confiável. |
| Blotting | |
| RAPD envolve Southern blotting. | Southern blotting é uma etapa do RFLP. |
| Detecção de variação alélica | |
| As variações alélicas não podem ser detectadas pelo RAPD. | As variações alélicas podem ser detectadas por RFLP. |
| Necessidade de Conhecimento Sequencial | |
| O RAPD não requer conhecimento prévio da sequência. | O conhecimento prévio da sequência é necessário para o projeto da sonda. |
| PCR | |
| PCR está envolvido com RAPD | O PCR não está envolvido com RFLP. |
| Reprodutibilidade | |
| RAPD tem baixa reprodutibilidade | O RFLP tem alta reprodutibilidade em comparação ao RAPD. |
Resumo - RAPD vs RFLP
RAPD e RFLP são marcadores importantes usados em biologia molecular. Ambos os métodos são capazes de detectar variação genética entre organismos. O RAPD é realizado usando primers aleatórios. RFLP é realizado usando enzimas de restrição específicas. Ambos os métodos produzem perfis de DNA exclusivos para organismos individuais. RAPD envolve comparativamente poucas etapas do que RFLP. Mas produz resultados menos confiáveis e reproduzíveis do que RFLP. Esta é a principal diferença entre RAPD e RFLP.
