A principal diferença entre mutágeno e teratógeno é que mutágeno é uma substância ou agente que causa uma mudança na sequência do DNA de um indivíduo, enquanto um teratógeno é um agente que causa danos ao feto ou ao embrião em desenvolvimento durante a gravidez.
Mutágenos e teratógenos são geralmente agentes químicos. No entanto, os agentes físicos e biológicos também podem atuar como mutagênicos ou teratógenos. Ambos podem levar a efeitos muito prejudiciais ou letais em indivíduos. No entanto, o aprimoramento da biotecnologia deu novos insights para os conceitos de mutágenos e teratógenos.