A principal diferença entre o fluxo de energia e o ciclo de matéria é que o fluxo de energia mostra a transmissão de energia de um nível trófico para o próximo nível trófico nas cadeias alimentares, enquanto o ciclo de matéria mostra o fluxo ou ciclo de elementos através das partes vivas e não vivas dos ecossistemas.
A energia flui em um ecossistema através das cadeias alimentares. Da mesma forma, os elementos circulam por diferentes partes da Terra. O sol é a fonte de energia da maioria dos ecossistemas. Os produtores primários fixam a energia da luz solar em carboidratos. Os consumidores, principalmente herbívoros, consomem alimentos produzidos pelos produtores. Então, carnívoros e onívoros dependem de herbívoros. Da mesma forma, a energia flui através de diferentes níveis tróficos. Ao mesmo tempo, a matéria é reciclada por meio de diferentes processos. Na verdade, tanto a energia quanto a matéria se movem de um organismo para outro nas cadeias alimentares.
