A principal diferença entre as vacinas polissacarídicas e conjugadas é que as vacinas polissacarídicas contêm apenas polissacarídeos livres como antígenos, enquanto as vacinas conjugadas contêm polissacarídeos combinados com uma molécula de proteína.
As vacinas polissacarídicas e conjugadas são dois tipos de vacinas. As vacinas polissacarídicas contêm apenas a cápsula polissacarídica como antígeno para estimular uma resposta imune. Portanto, eles causam uma resposta imunológica insignificante em comparação com as vacinas conjugadas. As vacinas conjugadas contêm polissacarídeos conjugados a uma proteína imunogênica. Conseqüentemente, eles provocam uma resposta imunológica mais forte. Além disso, as vacinas conjugadas estabelecem a memória das células B e a imunização de longo prazo. Atualmente, as vacinas conjugadas substituíram amplamente as vacinas polissacarídicas.