A principal diferença entre prototropia e tautomerismo é que a prototropia discute duas formas de uma molécula que diferem uma da outra apenas na posição de um próton particular, enquanto o tautomerismo discute a interconversão de dois isômeros estruturais via relocação de átomos ou ligações.
A prototropia é uma forma de tautomerismo; é a forma mais comum de tautomerismo. Tautomerismo é um conceito em química orgânica que descreve a conversão de um isômero estrutural em outro isômero por meio da relocação de átomos ou ligações. Se a realocação ocorre em um próton na molécula, então a chamamos de prototropia. Portanto, esse tipo de tautomerismo é conhecido como tautomerismo prototrópico.
