A principal diferença entre fluxionalidade e tautomerismo é que fluxionalidade se refere ao intercâmbio de alguns ou todos os átomos em uma molécula, enquanto tautomerismo se refere ao intercâmbio de prótons entre moléculas.
Ambos os termos fluxionalidade e tautomerismo referem-se à troca de átomo (s) entre diferentes posições, como posições axial e equatorial. Se essas diferentes posições estiverem na mesma molécula, então é fluxionalidade. Mas se o átomo que é trocado é um átomo de hidrogênio (um próton) e as posições estão em duas moléculas diferentes, então é chamado de tautomerismo.
