Diferença principal - SYBR Green vs Taqman
SYBR Green e Taqman são dois métodos empregados para detectar ou observar o processo de amplificação da PCR em tempo real. SYBR Green é um método baseado em corante de coloração de ácido nucleico intercalado enquanto Taqman é um método baseado em sonda de hidrólise. Ambas as tecnologias são projetadas para gerar fluorescência durante o PCR, o que permite que a máquina de PCR em tempo real monitore a reação em “tempo real”. O método SYBR Green é realizado usando um corante fluorescente denominado SYBR green e detecta a amplificação ligando o corante ao DNA de dupla fita produzido. Taqman é realizada usando sondas duplas marcadas e detecta a amplificação por degradação da sonda pela Taq polimerase e liberação do fluoróforo. Esta é a principal diferença entre SYBR Green e Taqman.
CONTEÚDO
1. Visão geral e diferença principal
2. O que é SYBR Green
3. O que é Taqman
4. Comparação lado a lado - SYBR Green vs Taqman
5. Resumo
O que é SYBR Green?
SYBR Green é um corante fluorescente usado para corar ácidos nucléicos, especialmente DNA de fita dupla em Biologia Molecular. O método SYBR Green é usado para quantificar produtos de PCR durante a PCR em tempo real. Uma vez que se liga ao DNA, o complexo DNA-corante resultante absorve luz azul e emite luz verde intensa. Isso ocorre devido à mudança estrutural que ocorre na molécula do corante ao se ligar ao DNA de fita dupla. Quando o PCR cria mais e mais DNA, mais moléculas de corante se ligam ao DNA, gerando mais fluorescência. Portanto, a fluorescência aumenta com o acúmulo do produto de PCR. Portanto, a quantidade de produto de PCR pode ser medida quantitativamente pela detecção de fluorescência SYBR Green.
O corante verde SYBR também pode ser usado para marcação de DNA em citometria e microscopia fluorescente. O brometo de etídio foi substituído com sucesso pelo SYBR Green, uma vez que o brometo de etídio é um corante cancerígeno com problemas de eliminação durante a visualização do DNA na eletroforese em gel.
Existem vantagens e desvantagens no método verde SYBR. Este método é muito sensível, barato e fácil de usar. No entanto, devido à sua capacidade de se ligar a qualquer DNA de fita dupla, a ligação não específica pode levar a uma quantificação excessiva do produto de PCR.
Figura 01: Técnica SYBR Green
O que é Taqman?
Taqman é um método alternativo ao SYBR Green para monitorar o processo de PCR em tempo real. Este método depende da atividade de exonuclease 5 '- 3' da enzima Taq polimerase para degradar as sondas durante a extensão da nova fita e liberação do fluoróforo. Sondas duplas marcadas são usadas neste método e é baseado na hidrólise de sondas. As sondas são oligonucleotídeos de DNA marcados com fluorescência tendo uma molécula repórter fluorescente (fluoróforo) na extremidade 5 'e uma molécula supressora na extremidade 3'. Eles são projetados para se ligarem ao molde de fita simples no lado oposto dos recozimentos do primer. A polimerase Taq adiciona nucleotídeos ao primer e estende a nova fita em direção às sondas duplas. Assim que a Taq polimerase encontra a sonda, a ação de exonuclease da Taq polimerase ativa e degrada a sonda. Assim que completa a síntese da nova fita, a sonda é submetida à degradação completa e liberação do fluoróforo. A liberação de fluoróforo gera fluorescência. A molécula fluorescente supressora extingue com eficiência a luz emitida e cria a saída para a quantificação do produto de PCR. A liberação de fluoróforos e a quantidade de produtos de PCR são proporcionais. Portanto, a quantificação pode ser feita facilmente pelo método Taqman.a quantificação pode ser feita facilmente pelo método Taqman.a quantificação pode ser feita facilmente pelo método Taqman.
Figura 02: Método Taqman
O método Taqman é utilizado em PCR em tempo real, quantificação da expressão gênica, detecção de polimorfismos genéticos, quantificação de deleções de DNA cromossômico, identificação bacteriana, verificação de análise de microarranjos, genotipagem SNP etc.
Qual é a diferença entre SYBR green e Taqman?
Artigo Diff meio antes da tabela
SYBR Green vs Taqman |
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| SYBR Green é baseado no corante de ligação ao DNA. | Taqman depende de sondas de hibridação e da atividade de 5 'para 3' exonuclease da Taq polimerase. |
| Sondas etiquetadas com fluorescência | |
| Não são necessárias sondas marcadas com fluorescência. | São necessárias pontas de prova duplas. |
| Análise Genética Multiplex | |
| Não pode ser usado para alvos genéticos multiplex. | Ele pode ser usado para alvos de genes multiplex. |
| Custo | |
| Isso é menos caro. | Isso é mais caro. |
| Especificidade | |
| Isso é menos específico e se liga a qualquer DNA de fita dupla | Estes são altamente específicos, uma vez que as sondas detectam os produtos de amplificação específicos. |
| Eficácia | |
| Isso é menos eficaz. | Isso é altamente eficaz. |
| Inscrição | |
| Isso é usado em PCR em tempo real, visualização de gel de agarose, marcação de DNA, etc. | Isso é usado em PCR em tempo real, quantificação da expressão gênica, detecção de polimorfismos genéticos, etc. |
Resumo - SYBR Green e Taqman
Taqman e SYBR green são dois métodos empregados em PCR em tempo real (PCR quantitativo). Ambos os métodos permitem a quantificação do produto de PCR de forma eficiente e contam com a emissão da fluorescência. O método Taqman usa sondas duplas marcadas para a detecção do DNA acumulado, enquanto o método SYBR Green usa um corante fluorescente. Ambos os métodos também têm diferentes aplicações em biologia molecular.
