A principal diferença entre microrganismos aeróbios e anaeróbios é a necessidade de oxigênio para os microrganismos aeróbios de sobrevivência, enquanto não é para os microrganismos anaeróbios. Ou seja, os microrganismos aeróbicos requerem oxigênio como seu aceptor final de elétrons durante a respiração aeróbica, enquanto os microrganismos anaeróbicos não requerem oxigênio para sua respiração celular.
A resposta ao oxigênio é a base para a classificação dos microrganismos em aeróbios e anaeróbios. Por isso, esses microrganismos possuem características diferentes para desempenhar suas funções durante a respiração celular. Portanto, micróbios aeróbicos sofrem respiração aeróbia, enquanto micróbios anaeróbicos sofrem respiração anaeróbica.
