A principal diferença entre o cloro livre e o cloro total é que o cloro livre é a quantidade de cloro que pode inativar microorganismos patogênicos presentes na água, enquanto o cloro total é a soma do cloro combinado e do cloro livre. O valor do cloro livre é sempre inferior ao valor do cloro total.
O cloro combinado é a quantidade de cloro que reage com os compostos contendo nitrogênio presentes na água. Portanto, este cloro não está disponível para o processo de desinfecção de água. Isso significa que o termo cloro total fornece a quantidade total de cloro que está disponível e indisponível para a inativação de microrganismos patogênicos (causadores de doenças) na água.