A principal diferença entre a EM e a doença de Lyme é que a doença de Lyme é uma doença infecciosa, enquanto a MS não é uma doença inflamatória sem origem infecciosa. Ou seja, a esclerose múltipla é uma doença inflamatória autoimune crônica mediada por células T que afeta o sistema nervoso central. A doença de Lyme, por outro lado, é causada por uma espiroqueta chamada Borrelia burgdoferi, que entra no corpo humano através da picada de piolhos ou carrapatos.
Tanto a esclerose múltipla quanto a doença de Lyme são doenças que podem afetar nosso sistema neurológico.