A principal diferença entre a química medicinal e a química farmacêutica é que a química medicinal lida com a concepção, otimização e desenvolvimento de novos compostos químicos para usá-los como drogas, enquanto a química farmacêutica lida com o estudo de drogas e seu desenvolvimento.
Tanto a química medicinal quanto a química farmacêutica lidam com as drogas ou medicamentos que usamos para tratar diferentes doenças. Ambos os campos discutem a concepção e o desenvolvimento de medicamentos com pequenas diferenças. Uma dessas diferenças é que a química medicinal estuda não apenas as drogas, mas também os mecanismos de ação dessas drogas dentro do nosso corpo.