A principal diferença entre o motivo e o domínio é que o motivo não é independentemente estável enquanto o domínio é independentemente estável.
As proteínas são importantes macromoléculas biológicas presentes em nosso corpo. Por outro lado, o código genético de um gene decidirá a sequência de aminoácidos de uma proteína. Além disso, as proteínas possuem estruturas primárias, secundárias e terciárias. A estrutura primária é a sequência de aminoácidos da cadeia polipeptídica. Quando as cadeias polipeptídicas se dobram, formam a estrutura secundária da proteína. Hélices alfa, folhas beta e estruturas super-secundárias pertencem às estruturas secundárias. Certos agrupamentos de elementos supersecundários são conhecidos como motivos proteicos. A estrutura terciária de uma proteína refere-se à sua estrutura tridimensional que decide a função da proteína. Domínio é uma seção dobrada de uma molécula de proteína, que é globular e tem uma função discreta. É a estrutura funcional e tridimensional fundamental da proteína.