A principal diferença entre apomorfia e plesiomorfia é que a apomorfia se refere a uma característica que é única para um clado e é encontrada em todos os descendentes desse clado particular, enquanto a plesiomorfia se refere a uma característica que está presente no clado, mas pode não estar presente em todos os membros do clado.
Em filogenética, cladística é a área que classifica os organismos em clados ou grupos com base nas características que herdam dos ancestrais. É uma forma de estudo muito confiável que ajuda a analisar as relações evolutivas e filogenéticas. Diferentes terminologias podem ser usadas para descrever as características de cada clado, como apomorfia, plesiomorfia, autapomorfia, sinapomorfia e homoplasia, etc. Entre elas, apomorfia e plesiomorfia são termos relativos. Nestes estudos, o software baseado em computador é realmente útil para estudar as características e recursos da Apomorfia e Plesiomorfia.
