A principal diferença entre a piridina e a pirimidina é que a estrutura da piridina se assemelha à estrutura do benzeno com um grupo metil substituído por um átomo de nitrogênio, enquanto a estrutura da pirimidina, embora também se assemelhe à estrutura do benzeno, tem dois grupos metila substituídos por átomos de nitrogênio.
A piridina e a pirimidina são compostos orgânicos. Eles são chamados de compostos orgânicos heterocíclicos porque são estruturas cíclicas com dois tipos diferentes de átomos que formam o anel. Essas estruturas em anel contêm átomos de carbono e nitrogênio.