A principal diferença entre Apicomplexia e Ciliophora é que Apicomplexia é um subfilo de protozoários e inclui organismos com um complexo apical, enquanto Ciliophora é outro subfilo de protozoários que inclui organismos com cílios.
Protozoa é um dos dois principais grupos pertencentes ao Reino Protista. O outro grupo são as algas. Protozoários são animais unicelulares como organismos eucarióticos. Eles pertencem a quatro classes: Sarcodina (amebas), Ciliophora (ciliados), Zoomastigophora (flagelados) e Apicomplexa. As apicomplexias possuem uma estrutura conhecida como complexo apical, enquanto os membros Ciliophora possuem milhares de cílios na superfície do organismo.
