A principal diferença entre o genoma procariótico e eucariótico é que o genoma procariótico está presente no citoplasma, enquanto o genoma eucariótico confina dentro do núcleo.
Genoma se refere à coleção inteira de DNA de um organismo. Em outras palavras, o genoma é o material genético de um organismo que contém a informação genética total. A maior parte do organismo possui um genoma feito de DNA. No entanto, alguns genomas são baseados em RNA. Por exemplo, certos vírus têm genomas de RNA. Ao considerar o material genético total de um organismo, ele não inclui apenas os genes ou as sequências codificantes. Inclui genes e sequências não codificantes de DNA.
Como a informação genética está dentro do genoma na forma de genes, os genes passam por transcrição e tradução para produzir proteínas. Há uma diferença entre os processos de expressão do genoma procariótico e eucariótico. Além disso, o armazenamento e a replicação de ambos os genomas também são diferentes entre os procariontes e eucariotos. Mas a estrutura do DNA permanece a mesma (dupla hélice) em ambos os organismos. A principal diferença entre o genoma procariótico e eucariótico está na organização celular dos organismos e onde o genoma reside.