A principal diferença entre flagelos e cílios é que os flagelos são longos e estão presentes em um a oito por célula, enquanto os cílios são curtos e estão presentes em centenas por célula.
Cílios e flagelos são estruturas minúsculas anexadas a células eucarióticas e procarióticas. Eles se projetam da superfície de suas células. Essas estruturas ajudam na locomoção de organismos unicelulares. Conseqüentemente, eles contêm principalmente proteínas chamadas microtúbulos ou corpos basais. No caso de organismos eucarióticos unicelulares, tanto os cílios quanto os flagelos são vitais para a locomoção. Por outro lado, nos organismos multicelulares, os cílios e os flagelos auxiliam na movimentação de fluidos e outros materiais ao longo dos tubos do corpo, enquanto desempenham a função de mover uma célula ou grupo de células. No entanto, há alguma diferença entre flagelos e cílios; especialmente, eles diferem uns dos outros pelo comprimento, tamanho, aparência e tipo de células às quais estão ligados.
