A principal diferença entre coenzima e cofator é que as coenzimas são moléculas orgânicas, enquanto os cofatores podem ser moléculas orgânicas ou inorgânicas.
As enzimas são macromoléculas biológicas essenciais. Eles são os catalisadores biológicos, o que aumenta a taxa de reações biológicas em condições muito suaves. Além disso, as enzimas são proteínas; assim, quando submetidos a um alto nível de calor, concentrações de sal, forças mecânicas, solventes orgânicos e soluções concentradas de ácido ou base, eles tendem a desnaturar. Às vezes, as enzimas precisam do suporte de outra molécula ou íon para ter uma função específica. Coenzimas e cofatores são essas moléculas.