A principal diferença entre o endotélio e o mesotélio é que o endotélio é a camada de células epiteliais escamosas simples que reveste todo o sistema circulatório, incluindo vasos sanguíneos, vasos linfáticos e o coração, enquanto o mesotélio é a camada de células epiteliais escamosas simples que reveste as principais cavidades do corpo, como o peritônio, pleura e pericárdio.
Epitélio, mesotélio e endotélio são três tipos de camadas celulares que revestem nossos órgãos internos, cavidades corporais e pele. Portanto, todos eles são barreiras protetoras do corpo. Estruturalmente, o mesotélio e o endotélio são camadas epiteliais especializadas ou modificadas com origem mesodérmica. Conseqüentemente, eles são constituídos por células epiteliais escamosas simples. O mesotélio e o endotélio são tecidos de camada única. Eles revestem certas superfícies internas.