A principal diferença entre o fotossistema 1 e o fotossistema 2 é que o fotossistema 1 tem um centro de reação composto de clorofila, uma molécula de P700 que absorve luz em um comprimento de onda de 700 nm. Por outro lado, o fotossistema II possui um centro de reação composto por clorofila, uma molécula de P680 que absorve luz no comprimento de onda de 680 nm.
Os fotossistemas são uma coleção de moléculas de clorofila, moléculas de pigmento acessórias, proteínas e pequenos compostos orgânicos. Existem dois fotossistemas principais; fotossistema I (PS I) e fotossistema II (PS II), presentes nas membranas tilacóides de cloroplastos em plantas. Ambos realizam a reação de luz da fotossíntese. Consequentemente, as plantas precisam essencialmente de ambos os fotossistemas. É porque a remoção de elétrons da água requer mais energia do que o fotossistema ativado por luz que posso fornecer. Consequentemente, o fotossistema II pode absorver luz de comprimento de onda mais curto (energia mais alta) e se conectar em conjunto com o PS I, permitindo o fluxo de elétrons não cíclicos.
