A principal diferença entre fucoidan e fucoxantina é que fucoidan é um polissacarídeo sulfatado contendo fucose presente em diferentes espécies de algas marrons e algas marrons, enquanto a fucoxantina é uma xantofila presente como um pigmento acessório nos cloroplastos de algas marrons e outros heterocontes.
Os ecossistemas marinhos são constituídos por flora e fauna. Eles têm uma grande diversidade de espécies. Além disso, essas espécies contêm diferentes compostos que são benéficos para os humanos. As biomoléculas extraídas dessas espécies em ecossistemas marinhos possuem diferentes potenciais terapêuticos. O fucoidano e a fucoxantina são dois desses compostos presentes nos ecossistemas marinhos, principalmente nas algas marrons. Apesar de diferirem quimicamente, ambos os compostos são usados atualmente para diferentes propósitos de pesquisa para identificar seu potencial como terapêutico.