A principal diferença entre alelo e genótipo é que o alelo é uma das formas variantes de um gene localizado no mesmo locus genético de um cromossomo, enquanto o genótipo é a constituição genética de uma característica específica.
Genética é o estudo de genes e padrões hereditários em organismos. Os cromossomos são as estruturas que contêm a informação genética de um organismo. Portanto, em eucariotos, existe um número específico de cromossomos presentes no genoma. Cada cromossomo possui milhares de genes que são regiões específicas dos cromossomos. Na verdade, os genes são unidades estruturais na genética que armazenam informações genéticas para produzir proteínas. Cada gene possui duas cópias descendentes de cada pai.
Da mesma forma, um alelo é uma variante de um gene ou forma de um gene. Além disso, cada gene possui duas formas de alelos que determinam a característica codificada pelo gene. Conseqüentemente, o genótipo é a composição genética de um organismo que é determinada pela distribuição de alelos em diferentes genes.