A principal diferença entre metagenômica e metatranscriptômica depende do tipo de biomoléculas estudadas em cada área. A metagenômica estuda o DNA, suas sequências e seu comportamento nos organismos, enquanto a metatranscriptômica estuda o DNA transcrito, principalmente as sequências de mRNA e seu comportamento nos organismos.
Metagenômica e metatranscriptômica são duas áreas que ganharam muita popularidade ao longo dos anos em relação à comunidade microbiana. Eles são importantes na área de saúde, indústria e biotecnologia agrícola. Tanto a metagenômica quanto a metatranscriptômica permitem o estudo de organismos individuais em uma comunidade e seus papéis funcionais que são benéficos ou prejudiciais.