A principal diferença entre o fotobionte e o micobionte é que o fotobionte se refere ao componente fotossintético do líquen, que é uma alga verde ou uma cianobactéria, enquanto o micobionte se refere ao componente fúngico do líquen, que é principalmente um ascomiceto ou basidiomiceto.
Existem diferentes tipos de relações simbióticas entre organismos vivos. Uma relação simbiótica é uma associação em que duas espécies diferentes de organismos vivem juntas. Além disso, parasitismo, mutualismo e comensalismo são três tipos de relações simbióticas. Mutualismo é benéfico para ambas as partes. O líquen é o tipo de associação mutualística que existe entre uma alga / cianobactéria e um fungo. Nessa associação, uma parte é responsável pela produção de alimentos por fotossíntese, enquanto a outra parte é responsável pela absorção de água e fornecimento de abrigo. Com base nisso, a alga / cianobactéria é conhecida como o fotobionte que realiza a fotossíntese, enquanto o fungo é conhecido como o micobionte que fornece abrigo e absorve água.