A principal diferença entre fenética e cladística é o método usado na classificação dos organismos. A fenética classifica os organismos com base em características morfológicas e estruturais, enquanto a cladística classifica os organismos com base em sua ancestralidade e relações evolutivas.
A classificação de organismos é um processo importante em estudos de biodiversidade e biológicos. A taxonomia facilita a classificação de vários sistemas enquanto ajuda no agrupamento e agrupamento de organismos. Nesse sentido, a fenética e a cladística desempenham um papel importante na construção de relações entre os organismos.