A principal diferença entre UPGMA e a árvore de união vizinha é o tipo de árvore filogenética resultante de cada método. UPGMA é a técnica de construção de uma árvore filogenética enraizada, enquanto a árvore de união de vizinhos é a técnica de construção de uma árvore filogenética não enraizada.
Árvores filogenéticas são diagramas semelhantes a árvores que mostram relações evolutivas entre organismos. Uma árvore filogenética pode ter diferentes topologias dependendo da técnica usada para a construção da árvore. UPGMA e a árvore de união de vizinhos são dois métodos principais de construção de árvores filogenéticas.
