A principal diferença entre o grupo funcional e o substituinte é que o grupo funcional é uma parte ativa de uma molécula, enquanto o substituinte é uma espécie química que pode substituir um átomo ou grupo de átomos em uma molécula.
Os termos grupo funcional e substituinte são freqüentemente encontrados na química orgânica. Um grupo funcional é um tipo específico de substituinte que causa a atividade de uma molécula. Isso significa que as reações que uma determinada molécula sofre são determinadas pelo grupo funcional. No entanto, um substituinte pode ser uma espécie química ativa ou uma espécie química inativa.