A principal diferença entre Prototheria Metatheria e Eutheria é que Prototheria se refere a mamíferos que põem ovos, enquanto Metatheria se refere a marsupiais que dão à luz a filhotes parcialmente desenvolvidos, e Eutheria se refere a mamíferos placentários que dão à luz a filhotes bem desenvolvidos.
Com base nas principais variações nos sistemas reprodutivos, os mamíferos podem ser classificados em três subclasses: Prototheria, Metatheria e Eutheria. Prototheria inclui os mamíferos mais primitivos, que são os mamíferos produtores de ovos, especialmente os monotremados. Metatheria inclui marsupiais, enquanto Eutheria inclui verdadeiros mamíferos placentários. Na verdade, Eutheria é a maior subclasse de mamíferos.
