A principal diferença entre alozimas e isozimas é que as alozimas são codificadas por diferentes alelos no mesmo locus. Mas, em contraste, as isozimas são codificadas por genes em loci diferentes.
As enzimas são biocatalisadores que aceleram as reações bioquímicas. Na verdade, são moléculas de proteínas codificadas por genes. Existem diferentes tipos de enzimas. Algumas enzimas são codificadas por diferentes alelos do mesmo gene presentes no mesmo locus. Eles são conhecidos como alozimas. Em contraste, algumas enzimas são codificadas por diferentes genes localizados em diferentes loci. Essas enzimas são conhecidas como isoenzimas. Isozimas e alozimas podem ser usadas para determinar a relação entre dois organismos.