A principal diferença entre as sondas radioativas e não radioativas é que as sondas radioativas são sequências de DNA ou RNA de fita simples que são marcadas com isótopos radioativos, enquanto as sondas não radioativas são sequências de DNA ou RNA de fita simples que são marcadas com uma etiqueta química ou uma etiqueta fluorescente.
A hibridização de ácido nucléico é uma técnica importante em biologia molecular, especialmente no diagnóstico microbiano. Ajuda a identificar ou detectar uma sequência de ácido nucleico particular. Nesta técnica, os ácidos nucleicos são fixados a uma superfície sólida e hibridizados com uma sonda. Uma sonda é um fragmento de DNA ou RNA que é complementar a uma sequência de interesse. Se a sequência alvo estiver presente na amostra, a sonda irá hibridizar com ela e torná-la detectável. Existem dois tipos de sondas: sondas radioativas e não radioativas. Portanto, podemos marcar as sondas com uma etiqueta radioativa ou uma etiqueta fluorescente.