A principal diferença entre o atavismo e a evolução retrógrada é que o atavismo é o reaparecimento repentino de caracteres ancestrais em um indivíduo, enquanto a evolução retrógrada é o movimento de espécies em toda a população em direção a caracteres primitivos.
Traços podem aparecer ou desaparecer com o tempo. Ao longo do processo evolutivo, os traços ancestrais mudaram ou desapareceram ao longo das gerações. Além disso, os organismos se desenvolvem de formas mais simples para formas complexas. A seleção natural é um mecanismo chave da evolução. Atavismo e evolução retrógrada são dois conceitos que explicam a simplificação de uma estrutura. O atavismo é o reaparecimento de uma característica ancestral que se perdeu durante a evolução. Na evolução retrógrada, os organismos se desenvolvem em formas mais simples a partir de formas complexas. Em ambos os casos, os organismos se movem em direção a características primitivas.