A principal diferença entre a seleção estabilizadora e balanceadora é que a seleção estabilizadora é um tipo de seleção natural que favorece os fenótipos médios em uma população, enquanto a seleção balanceadora é a manutenção de múltiplos alelos de um gene dentro de uma população a fim de aumentar a diversidade genética.
A seleção estabilizadora é um tipo de seleção natural que se aplica a um traço fenotípico. Favorece fenótipos médios em uma população. Portanto, elimina os dois tipos de fenótipos extremos. Em última análise, forma uma população uniforme. A seleção balanceadora consiste em vários processos seletivos que mantêm uma diversidade genética vantajosa dentro de uma população, mantendo vários alelos de um gene. Portanto, ele se aplica a um locus gênico.
